Miközben szinte mindenki izgatottan kémleli az eget egy földönkívüli civilizáció felbukkanása reményében, kiválasztott férfiak csoportja tudja az igazságot: azt, hogy földönkívüli lények – itt és most – szabadon sétálnak közöttünk, embereknek álcázva. Ezek a férfiak a földönkívüliek itt tartózkodását figyelő és irányító szupertitkos ügynökségnek dolgoznak, amelynek tagjait mindenki csak így emlegeti: MEN IN BLACK SÖTÉT ZSARUK.
James Edwards belevaló New York-i utcai rendőr, akit K ügynök felvesz a Sötét Zsaruk soraiba. James belép egy világba, ahol az addigi énje megszűnik létezni és ahol kizárólag olyasmit tapasztal, amire legvadabb álmában sem gondolt volna.
Legelső bevetéskor mindjárt ezt a feladatot kapja: mentse meg a Földet attól, hogy az egymás ellen harcoló földönkívüliek csatatere legyen …mely harc után szeretett bolygónk még úgy sem nézne ki, mint négymilliárd évvel ezelőtt…