A könyv főhőse, Tom Sawyer, aki a regény elején még csak haszontalan iskolakerülő, de végtelenül fantáziadús és találékony fiú, valóságos vezéregyéniséggé válik. Ötletei pajtásait - és legjobb barátját, a csavargó Huckot is - teljesen megigézik: a kedvéért akár kalóznak vagy rablónak is beállnak (bár elképzeléseik a kalóz- és rablótevékenységről meglehetősen torzak). A fiúk - véletlenül - egy gyilkosság szemtanúi lesznek és egy valódi rablóbanda nyomára bukkannak, és belebonyolódnak egy izgalmas, ámde gyermeki ésszel kifundált nyomozásba. A szálak a „kísértetház" után egy rejtélyes barlangrendszerbe vezetnek, ahol is Tom és szerelme, Becky, eltévednek. Családjuk és a falubeliek már holtnak hiszik őket. Tom kitartó kutatása és bátorsága révén napok múlva megtalálják a barlangból kivezető utat... 

Tom Sawyer csintalan fiatal fiú, aki szüntelenül kalandokra vágyik. Missouri államban, a Mississippi folyó melletti kis faluban él nagynénjével, Polly nénivel. Tom iskola helyett szívesebben tölti idejét kedves barátja, Huckleberry Finn társaságában. A falu ifjú csavargójával sokakat tréfálnak meg.
Tom szerelmes Becky Thatcherbe, aki nemrég érkezett a faluba. A lány kezdetben viszonozza érzelmeit, sőt "el is jegyzik egymást". De amikor Tom véletlenül elszólja magát, a lány megsértődik.
Az ártatlan csínytevések után Tom élete hirtelen fordulatot vesz. Egyik éjjel barátjával szemtanúi lesznek egy gyilkosságnak a temetőben. Rémülten elmenekülnek a helyszínről és vérszerződést kötnek, hogy soha senkinek nem mondják el titkukat. Ettől kezdve Tom és Huck számtalan izgalmas kalandot él át, miközben veszélyes bűnözők üldözik őket.
Felnőnek-e a fiúk a feladathoz és valódi hőssé válnak-e? Élhetik-e még valaha gondtalan gyermekéletüket?